PCR擴增時加入的引物利用熒光素進行標記，使引物和熒光探針同時與模板進行特異性結合，擴增結果通過熒光信號采集系統實時采集信號并輸送到計算機分析處理系統，實時輸出量化結果，這樣的PCR儀叫實時熒光定量PCR儀。
(1)金屬板式實時定量PCR儀
可作為普通PCR儀使用
可帶梯度功能
可容納的樣本量大，無需特殊耗材
溫度均一性欠佳，有邊緣效應，標準曲線的反應條件難以做到與樣品全一致
(2)離心式實時定量PCR儀
溫度均一性較好
使用的是同一個激發光源和檢測器，隨時檢測旋轉到跟前的樣品，有效減少系統誤差
可容納樣品量少，有的需用特殊毛細管作樣品管，增加了使用成本，也不帶梯度功能
(3)各孔獨立控溫的定量PCR儀
不同樣品槽分別擁有獨立的智能升降溫模塊，各孔獨立控溫，適合多指標快速檢測。
SmartCyclerⅡ的軟件允許一臺儀器同時操作六個樣品模塊，既滿足高速批量要求，又能靈活運用，還可實現任意梯度反應。
SmartCyclerⅡ上樣不如傳統方法方便，而且需要有的扁平反應管，使用成本較高。
